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中川 洋; 松尾 龍人*
フロントランナー直伝 相分離解析プロトコール; 実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ, p.222 - 227, 2022/07
中性子散乱の原理はX線散乱と共通するが、散乱過程における試料との相互作用が異なるためユニークな情報を与える。プローブの特性を活かした様々な測定・解析手法があり、中性子小角散乱や準弾性散乱は、液滴中のタンパク質の構造・会合状態やそれらの分子ダイナミクスの解析に有望である。線源に原子炉や加速器を必要とする中性子散乱実験は、国内だけでは施設も限られており、必要に応じて海外施設の利用を検討することもある。
中川 洋; 松尾 龍人*
実験医学, 39(10), p.1667 - 1673, 2021/06
X線や中性子散乱は、溶液中の生体分子の構造状態や集合状態、分子間相互作用などが分かる手法である。放射光X線では、短時間で高精度な溶液散乱データが得られる。中性子線では重水素化ラベルにより特定の分子を不可視化して、分子集団の中の注目する分子だけを選択的に観測することもできる。また、熱揺らぎと同程度のエネルギーを持つ中性子線では、分子運動の計測にも適している。現在のところ相分離現象の解析への適用は限定的であるが、ナノ
メゾスケールでの相分離状態を解析したり、相分離する過程を追跡したりするのに有効な手法である。
皿井 明倫*; 河野 秀俊
実験医学, 26(7), p.1099 - 1105, 2008/04
転写因子などのDNA結合タンパク質は、遺伝子の制御に重要な役割を果たしている。タンパク質は、通常複数のDNA配列を認識し複数の遺伝子の発現を制御しているが、タンパク質があるDNAを特異的に認識する機構についてはまだよくわかっていない。したがって、タンパク質とDNAの特異的結合を正確に予測することは容易ではない。また、構造ゲノミクスプロジェクトによって機能未知のタンパク質の立体構造が次々と明らかにされている現在、それらのタンパク質がDNAに結合するかどうか、また結合するならば、どこの部位を使って結合するかといった分子機能を予測することも重要になってきている。本稿ではこれまでに開発されたDNA結合タンパク質の予測方法,結合部位の予測方法,タンパク質の結合塩基配列の予測方法、特にわれわれが開発してきた構造情報を用いる方法について解説し、今後の展望について述べる。
皿井 明倫*; 河野 秀俊
実験医学, 25(10), p.77 - 84, 2007/06
真核生物の転写制御系では多くの転写因子の組合せがいろいろな遺伝子を複雑に制御している。そこでは、素子である転写因子の分子レベルですでに高度な協同性が働いていると思われる。本稿では、転写因子によるDNA配列の認識メカニズムと、協同性の役割について構造的な観点から解説する。さまざまな転写因子によるDNAの複合体構造の解析から、協同性が、転写因子とDNAの構造変化と密接に結びついており、認識の特異性を高めることを示す。